Pagpasundayag sa upat ka nucleic acid amplification assays aron mailhan ang SARS-CoV-2 sa Ethiopia

Salamat sa pagbisita sa Nature.com. Naggamit ka usa ka bersyon sa browser nga adunay limitado nga suporta sa CSS. Alang sa labing kaayo nga kasinatian, among girekomenda nga mogamit ka usa ka bag-ong browser (o i-disable ang Compatibility Mode sa Internet Explorer). Dugang pa, aron masiguro ang padayon nga suporta, gipakita namon ang site nga wala’y mga istilo ug JavaScript.
Nagpakita sa usa ka carousel sa tulo ka mga slide sa usa ka higayon. Gamita ang Kaniadto ug Sunod nga mga buton sa paglihok sa tulo ka mga slide sa usa ka higayon, o gamita ang mga buton sa slider sa katapusan aron sa paglihok sa tulo ka mga slide sa usa ka higayon.
Sukad sa 2019 coronavirus disease (COVID-19) outbreak, daghang commercial nucleic acid amplification tests (NAATs) ang naugmad sa tibuok kalibutan ug nahimong standard assays. Bisan kung daghang mga pagsulay ang dali nga naugmad ug gipadapat sa mga pagsulay sa diagnostic sa laboratoryo, ang paghimo niini nga mga pagsulay wala masusi sa lainlaing mga setting. Busa, kini nga pagtuon gitumong sa pagtimbang-timbang sa performance sa Abbott SARS-CoV-2, Daan Gene, BGI, ug Sansure Biotech assays gamit ang Composite Reference Standard (CRS). Ang pagtuon gihimo sa Ethiopian Public Health Institute (EPHI) gikan sa 1 hangtod 30 sa Disyembre 2020. 164 ka mga sample sa nasopharyngeal ang gikuha gamit ang QIAamp RNA mini kit ug ang Abbott DNA sample preparation system. Sa 164 ka mga specimen, 59.1% ang positibo ug 40.9% ang negatibo sa CRS. Ang positibo sa Sansure Biotech labi ka ubos kung itandi sa CRS (p <0.05). Ang positibo sa Sansure Biotech labi ka ubos kung itandi sa CRS (p <0.05). Положительные результаты Sansure Biotech kay adunay значительно ниже sa сравнению sa CRS (p < 0,05). Ang positibo nga mga resulta sa Sansure Biotech mas ubos kon itandi sa CRS (p <0.05).与CRS 相比，Sansure Biotech 的阳性率显着较低（p < 0.05）。与CRS 相比，Sansure Biotech 的阳性率显着较低（p < 0.05）。 У Sansure Biotech было значительно меньше положительных результатов по сравнению с CRS (p < 0,05). Ang Sansure Biotech adunay mas gamay nga positibo nga mga resulta kumpara sa CRS (p <0.05).Ang kinatibuk-ang kasabutan sa upat ka mga pag-analisar mao ang 96.3-100% kumpara sa CRS. Dugang pa sa ubos nga positivity rate sa Sansure Biotech assay, ang performance sa upat ka mga assay halos ikatandi. Sa ingon, ang Sansure Biotech [Research Only (RUO)] assay nanginahanglan dugang nga pag-validate alang sa paggamit niini sa Ethiopia. Sa katapusan, ang dugang nga panukiduki kinahanglan nga tagdon aron sa pagtimbang-timbang sa mga pagsulay nga adunay angay nga mga pag-angkon sa tiggama.
Ang laboratory testing kabahin sa World Health Organization (WHO) Strategic Plan for Coronavirus Disease 2019 (COVID-19) Preparedness and Response (SPRP). Ang WHO nagtambag nga ang mga nasud kinahanglan nga magtukod og kapasidad sa laboratoryo aron mapauswag ang pagkaandam, husto nga pagdumala sa kaso, pagkamabinantayon ug paspas nga pagtubag sa mga hagit sa panglawas sa publiko. Kini nagsugyot nga ang papel sa laboratoryo mao ang yawe sa pag-ila sa sakit ug epidemiology sa mga mitumaw nga makatakod nga mga ahente ug pagkontrolar sa ilang pagkaylap.
Ang pagdayagnos sa COVID-19 nanginahanglan ug epidemiological ug medikal nga impormasyon, personal nga mga sintomas/senyales, ug radiographic ug laboratory data2. Sukad nga gitaho ang pag-ulbo sa COVID-19 sa Wuhan, China, daghang komersyal nga nucleic acid amplification tests (NAATs) ang nahimo sa tibuuk kalibutan. Ang real-time nga reverse transcription polymerase chain reaction (rRT-PCR) gigamit isip usa ka naandan ug standard nga pamaagi para sa laboratory diagnosis sa severe acute respiratory syndrome 2 (SARS-CoV-2)3 nga impeksyon. Ang pagtuki sa molekula sa SARS-CoV-2 kasagaran gibase sa N (nucleocapsid protein gene), E (envelope protein gene), ug RdRp (RNA-dependent RNA polymerase gene) nga mga gene sa ORF1a/b (open reading frame 1a/b) . gene) nga rehiyon nga giila gikan sa viral genome. Giisip sila nga mga nag-unang gikonserbar nga mga rehiyon nga nakit-an sa mga viral genome alang sa pag-ila sa virus4. Taliwala niini nga mga gene, ang RdRp ug E genes adunay taas nga analytical detection sensitivity, samtang ang N gene adunay ubos nga analytical sensitivity5.
Ang performance sa PCR assays mahimong magkalahi depende sa lain-laing mga butang sama sa: extraction reagents, amplification/detection reagents, extraction method, kalidad sa PCR machine ug uban pang instrumento. Sa Abril 2020, kapin sa 48 ka lain-laing mga diagnostic device gikan sa siyam ka mga nasud ang nakadawat og Emergency Use Authorization (EUA) para sa COVID-196 diagnostics. Sa Ethiopia, kapin sa 14 ka real-time nga PCR platforms ang gigamit para sa PCR detection sa SARS-CoV-2 sa 26 ka public health institutions, lakip ang ABI 7500, Abbott m2000, Roche 48000 ug Quant-studio7. Dugang pa, adunay lain-laing mga PCR test kits, sama sa Daan Gene test, Abbott SARS-CoV-2 test, Sansure Biotech test, ug SARS-CoV-2 BGI test. Bisan pa nga sensitibo kaayo ang rRT-PCR, pipila ka mga pasyente nga adunay COVID-19 nagtaho og bakak nga negatibo nga mga resulta tungod sa dili igo nga mga kopya sa viral ribonucleic acid (RNA) sa mga sample tungod sa dili husto nga pagkolekta, pagdala, pagtipig ug pagdumala, ug pagsulay sa laboratoryo. kondisyon ug aksyon sa mga personahe8. Dugang pa, ang sample o pagkontrol sa sayop nga pagdumala, cycle threshold (Ct) setting, ug cross-reactivity sa ubang mga pathogenic nucleic acid o inactive/residual nga SARS-CoV-2 RNA mahimong mosangpot sa sayop nga positibong resulta sa rRT-PCR9 assays. Busa, tin-aw nga ang mga pagsulay sa PCR makaila gayod sa mga tagdala sa mga tipik sa gene, tungod kay dili gani nila mailhan ang tinuod nga aktibo nga mga viral gene, mao nga ang mga pagsulay makaila lamang sa mga tigdala ug dili sa mga pasyente10. Busa, importante ang pag-assess sa diagnostic performance gamit ang standard nga mga pamaagi sa atong setting. Bisan kung daghang mga reagents sa NAAT ang magamit sa Ethiopian Public Health Institute (EPHI) ug sa tibuuk nasud, wala pa gitaho nga pagtandi sa ilang pagkaepektibo. Busa, kini nga pagtuon gitumong sa pagtimbang-timbang sa comparative performance sa commercially available kits para sa detection sa SARS-CoV-2 pinaagi sa rRT-PCR gamit ang clinical specimens.
Sa kinatibuk-an nga 164 ka mga partisipante nga adunay gidudahang COVID-19 ang gilakip sa kini nga pagtuon. Ang kadaghanan sa mga sample gikan sa mga sentro sa pagtambal (118/164 = 72%), samtang ang nahabilin nga 46 (28%) nga mga partisipante gikan sa mga non-treatment center. Taliwala sa mga partisipante nga wala gitambalan sa sentro, 15 (9.1%) adunay mga kaso nga gisuspetsahan sa klinika ug 31 (18.9%) adunay mga kontak sa mga nakumpirma nga mga kaso. Nubenta ug tulo (56.7%) ang mga partisipante lalaki, ug ang mean (± SD) nga edad sa mga partisipante maoy 31.10 (± 11.82) ka tuig.
Sa kini nga pagtuon, ang positibo ug negatibo nga rate sa upat nga mga pagsulay alang sa COVID-19 gitino. Busa, ang positibo nga rate sa Abbott SARS-CoV-2 assay, Daan Gene 2019-nCoV assay, SARS-CoV-2 BGI assay, ug Sansure Biotech 2019-nCoV assay kay 59.1%, 58.5%, 57.9% ug 55.5% matag usa. . Ang positibo ug negatibo nga composite reference standard (CRS) nga mga marka mao ang 97 (59.1%) ug 67 (40.9%), matag usa (Table 1). Niini nga pagtuon, ang kahulugan sa CRS gibase sa "bisan unsang positibo" nga lagda, diin gikan sa upat ka mga resulta sa pagsulay, duha o labaw pa nga mga resulta sa pagsulay nga naghatag sa samang resulta giisip nga tinuod nga positibo o negatibo.
Sa kini nga pagtuon, nakit-an namon ang negatibo nga porsyento nga kasabutan (NPA) nga 100% (95% CI 94.6-100) alang sa tanan nga pag-analisar kung itandi sa CRS. Ang pag-analisa sa Sansure Biotechnology nagpakita sa usa ka gamay nga PPA nga 93.8% (95% CI 87.2-97.1) ug ang pagtuki sa Daan Gene 2019-nCoV adunay kinatibuk-ang kasabutan nga 99.4% (95% CI 96.6-99.9). Sa kasukwahi, ang kinatibuk-ang kasabutan tali sa SARS-CoV-2 BGI assay ug sa Sansure Biotech 2019-nCoV assay kay 98.8% ug 96.3%, matag usa (Table 2).
Ang kappa coefficient of agreement ni Cohen tali sa CRS ug Abbott SARS-CoV-2 nga mga resulta sa assay hingpit nga makanunayon (K = 1.00). Sa susama, ang mga kantidad sa kappa ni Cohen nga nakit-an sa Daan Gene 2019-nCoV, SARS-CoV-2 BGI, ug Sansure Biotech 2019-nCoV hingpit usab nga nahiuyon sa CRS (K ≥ 0.925). Niining pagtandi nga pagtuki, ang chi-square test (McNemar test) nagpakita nga ang Sansure Biotech 2019-nCoV assay nga mga resulta lahi kaayo sa mga resulta sa CRS (p = 0.031) (Table 2).
Ingon sa gipakita sa Fig.1 ang porsyento sa pinakaubos nga Ct value (<20 Ct) sa Abbott SARS-CoV-2 assay (combined RdRp ug N gene) kay 87.6% ug ORF1a/b gene Ct value sa Sansure Biotech 2019-nCoV assay nagpakita nga ang porsyento sa ubos Ct value (<20 Ct) kay 50.3% ug taas Ct value (36–40 Ct) maoy 3.2%. 1 ang porsyento sa pinakaubos nga Ct value (<20 Ct) sa Abbott SARS-CoV-2 assay (combined RdRp ug N gene) kay 87.6% ug ORF1a/b gene Ct value sa Sansure Biotech 2019-nCoV assay nagpakita nga ang porsyento sa ubos Ct value (<20 Ct) kay 50.3% ug taas Ct value (36–40 Ct) maoy 3.2%.Ingon sa gipakita sa Fig.1, процент наименьшего значения Ct (< 20 Ct) анализа Abbott SARS-CoV-2 (комбинированный ген RdRp и N) составил 87,6%, гена ORF знач анализа Sansure Biotech 2019-nCoV показало что процент низкого значения Ct (< 20 Ct) adunay 50,3%, ug высокое значение Ct (36%) . 1, ang porsyento sa pinakaubos nga Ct value (<20 Ct) analysis sa Abbott SARS-CoV-2 (combined gene RdRp ug N) kay 87.6%, ug ang Ct value sa ORF1a/b gene analysis sa Sansure Biotech 2019-nCoV nagpakita nga ang porsyento sa ubos nga kantidad sa Ct (<20 Ct) mikabat sa 50.3%, ug taas nga kantidad nga Ct (36–40 Ct) mikabat sa 3.2%.如图1 所示，Abbott SARS-CoV-2 检测（结合RdRp 和N 基因）的最低Ct 值百分比（< 20 Ct.V 6% Biotechn. ORF1a/b Sama sa gipakita sa Figure 1, ang pinakaubos nga Ct value percentage (<20 Ct) sa Abbott SARS-CoV-2 test (kombinasyon sa RdRp ug N gene) kay 87.6%, ang ORF1a/b gene Ct value sa Sansure Biotech 2019-nCoV test nagpakita sa ubos nga Ct值(< 20 Ct) 的 porsyento mao ang 50.3%, 高Ct值(36–40 Ct) 的 porsyento kay 3.2%. Как показано на рисунке 1, анализ Abbott SARS-CoV-2 (сочетающий гены RdRp и N) имел самое низкое процентное знач (<ение Ctе знач () 87,6%, а значение Ct гена ORF1a/b sa исследовании Sansure Biotech 2019- Анализ nCoV показал низкий Ct. Sama sa gipakita sa Figure 1, ang Abbott SARS-CoV-2 assay (naghiusa sa RdRp ug N genes) adunay pinakaubos nga porsyento nga Ct value (<20 Ct) sa 87.6%, samtang ang Ct value sa ORF1a/b gene sa Sansure Pagtuon sa Biotech 2019 – Ang pag-analisa sa nCoV nagpakita sa ubos nga Ct. Процент значений (< 20 Ct) составил 50,3%, ug процент высоких значений Ct (36–40 Ct) составил 3,2%. Ang porsyento sa mga kantidad (<20 Ct) mao ang 50.3%, ug ang porsyento sa taas nga mga kantidad sa Ct (36-40 Ct) mao ang 3.2%.Ang Abbott SARS-CoV-2 B nga pagsulay nagtala sa mga kantidad sa Ct nga labaw sa 30. Sa laing bahin, sa BGI SARS-CoV-2 assay ORF1a/b gene adunay taas nga Ct value (> 36 Ct) nga porsyento kay 4% (Fig. 1). Sa laing bahin, sa BGI SARS-CoV-2 assay ORF1a/b gene adunay taas nga Ct value (> 36 Ct) nga porsyento kay 4% (Fig. 1). С другой стороны, в анализе BGI SARS-CoV-2 ген ORF1a/b имел высокое значение Ct (> 36 Ct), процент которого составл. 1%). Sa laing bahin, sa pagtuki sa BGI SARS-CoV-2 gene ORF1a/b adunay taas nga Ct value (> 36 Ct), ang porsyento niini 4% (Fig. 1).另一方面，在BGI SARS-CoV-2 检测中，ORF1a/b 基因具有高Ct 值（> 36 Ct）的百分比为4%（图。 Sa laing bahin, sa BGI SARS-CoV-2 detection, ang porsyento sa ORF1a/b gene nga adunay taas nga Ct value (>36 Ct) kay 4% (Figure 1). С другой стороны, в анализе BGI SARS-CoV-2 процент генов ORF1a/b с высокими значениями Ct (>36 Ct) составил 4% (halimbawa 1). Sa laing bahin, sa BGI SARS-CoV-2 analysis, ang porsyento sa ORF1a/b genes nga adunay taas nga Ct values ​​​​(>36 Ct) kay 4% (Fig. 1).
Niini nga pagtuon, mikuha kami ug 164 ka sample sa nasopharyngeal. Alang sa tanan nga mga matang sa mga assays, ang RNA isolation ug amplification gihimo gamit ang mga pamaagi ug mga kit nga girekomenda sa tagsa-tagsa nga mga tiggama.
Gipakita sa kini nga pagtuon nga ang pagsulay ni Abbott alang sa SARS-CoV-2 adunay parehas nga pasundayag sa pagkakita sa CRS, nga adunay 100% nga positibo, negatibo, ug kinatibuk-ang konkordansya. Ang kappa nga kasabutan ni Cohen mao ang 1.00, nga nagpakita sa hingpit nga kasabutan sa CRS. Usa ka susama nga pagtuon sa University of Washington sa US nakit-an nga ang kinatibuk-ang pagkasensitibo ug espesipiko sa Abbott nga pagsulay alang sa SARS-CoV-2 mao ang 93% ug 100%, matag usa, kung itandi sa laboratory-determined assay (LDA) sa CDC . 11. Ang Abbott SARS-CoV-2 detection system gibase sa dungan nga hiniusang pagkakita sa N ug RdRp nga mga gene, tungod kay ang duha ka gene mas sensitibo, nga nagpamenos sa mga sayop nga negatibo12. Gipakita usab sa usa ka pagtuon sa Vienna, Austria nga ang dagkong mga volume sa sample sa extraction ug mga volume sa detection eluent nagpamenos sa mga epekto sa dilution ug nagdugang sa efficiency sa detection13. Sa ingon, ang hingpit nga tugma ni Abbott alang sa SARS-CoV-2 assay mahimong iugnay sa usa ka sistema sa pag-detect sa platform nga dungan nga nakit-an ang mga kombinasyon nga gene, nagkuha daghang mga sample (0.5 ml), ug naggamit daghang kantidad sa eluent (40 µl).
Gipakita usab sa among mga resulta nga ang performance sa detection sa Daan genetic test halos parehas sa CRS. Nahiuyon kini sa usa ka pagtuon14 nga gihimo sa Anhui University sa Huainan, China, ug ang pag-angkon sa tiggama nga 100% positibo nga kasabutan. Bisan pa sa mga taho sa makanunayon nga mga resulta, usa ka sample ang sayup nga negatibo pagkahuman gisulayan pag-usab ang parehas nga eluate, apan positibo sa Abbott SARS-CoV-2 ug Sansure Biotech nCoV-2019 assays. Kini nagsugyot nga mahimong adunay kabag-ohan sa mga resulta sa lainlaing mga lahi sa mga pagsulay. Bisan pa niana, sa pagtuon nga gihimo sa China15, ang resulta sa Daan Gene assay lahi kaayo (p <0.05) kumpara sa ilang lab-defined reference assay. Bisan pa niana, sa pagtuon nga gihimo sa China15, ang resulta sa Daan Gene assay lahi kaayo (p <0.05) kumpara sa ilang lab-defined reference assay. Тем не менее, в исследовании, проведенном в Китае15, результат анализа Daan Gene значительно отличался (p < 0,05) тлоб эталонного анализа. Bisan pa, sa usa ka pagtuon sa China15, ang resulta sa pagtuki ni Daan Gene lahi kaayo (p <0.05) gikan sa ilang pagsusi sa reference sa laboratoryo.然而，在中国进行的研究中15，大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差异（p <0.05).然而，在中国进行的研究中15，大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测看检测看<0.05 Однако в исследовании, проведенном в Китае15, результати генетического теста Daan значительно отличались (p) < 0,00 эталонным лабораторным тестом. Apan, sa usa ka pagtuon sa China15, ang mga resulta sa genetic test ni Daan lahi kaayo (p <0.05) kumpara sa iyang reference laboratory test.Kini nga kalainan mahimong tungod sa pagkasensitibo sa reference test aron mahibal-an ang SARS-CoV-2, ug ang dugang nga mga pagtuon mahimo’g hinungdanon aron mahibal-an ang hinungdan.
Dugang pa, gi-evaluate sa among pagtuon ang comparative performance sa SARS-CoV-2 BGI assay sa CRS, nga nagpakita sa maayo kaayo nga positibo nga porsyento nga kasabutan (PPA = 97.9%), negatibo nga porsyento nga kasabutan (NPA = 100%), ug kinatibuk-ang porsyento nga kasabutan sa gender ( OPA). ). = 98.8%). Ang mga kantidad sa Kappa ni Cohen nagpakita og maayong kasabutan (K = 0.975). Ang mga pagtuon sa Netherlands16 ug China15 nagpakita ug makanunayon nga mga resulta. Ang SARS-CoV-2 BGI test kay usa ka gene (ORF1a/b) detection test gamit ang 10 µl amplification/detection eluate. Bisan pa sa maayo nga estadistika nga kasabutan sa among mga resulta sa pakisayran, ang pag-analisar wala'y duha ka positibo nga mga sample (1.22%) sa kinatibuk-ang sample. Mahimo kini nga adunay daghang mga klinikal nga implikasyon alang sa dinamika sa transmission sa lebel sa pasyente ug komunidad.
Laing comparative analysis nga gilakip niini nga pagtuon mao ang Sansure Biotech nCoV-2019 rRT-PCR (RUO) assay; ang kinatibuk-ang porsyento sa duwa mao ang 96.3%. Ang kalig-on sa kasabutan gitino usab sa kantidad sa Kappa sa Cohen, nga 0.925, nga nagpakita sa hingpit nga kasabutan sa CRS. Pag-usab, ang among mga resulta parehas sa mga pagtuon nga gihimo sa Central South University sa Changsha, China, ug sa Clinical Laboratory Department sa Liuzhou People's Hospital, Liuzhou City, China17. Bisan kung natala ang maayo nga istatistikal nga concordance, ang chi-square nga pagsulay (pagsulay sa MacNemar) nagpakita nga ang resulta sa Sansure Biotech assay adunay usa ka hinungdanon nga kalainan sa istatistika kumpara sa CRS (p <0.005). Bisan kung natala ang maayo nga istatistikal nga concordance, ang chi-square nga pagsulay (pagsulay sa MacNemar) nagpakita nga ang resulta sa Sansure Biotech assay adunay usa ka hinungdanon nga kalainan sa istatistika kumpara sa CRS (p <0.005). Несмотря на то, что было зафиксировано указанное выше хорошее статистическое соответствие, критерий хи-квадрат (критерий хи-квадрат) что результат анализа Sansure Biotech имеет статистически значимое различие по сравнению sa CRS (p < 0,005). Bisan tuod ang maayo nga statistical nga kasabutan sa ibabaw natala, ang chi-square test (McNemar test) nagpakita nga ang resulta sa Sansure Biotech assay adunay usa ka mahinungdanon nga kalainan sa istatistika kumpara sa CRS (p <0.005).尽管记录了上述良好的统计一致性，但卡方检验（MacNemar 检验）表明，Sansure Biotech 检浞的生相比具有统计学显着差异（p < 0.005）。尽管 记录 了 上述 良好 统计 一致性 ， 但 检验 （（macnemar 检验 表明 ， ， sansure biotech ， sansure biotech相比 具有 显着 （（p <0.005。。。。。。。。。。。。。。。。。。）））） Несмотря на отмеченное выше хорошее статистическое соответствие, критерий хи-квадрат (критерий Макнемара) покичиза разницу (p < 0,005) между анализом Sansure Biotech ug CRS. Bisan pa sa maayo nga istatistikal nga kasabutan nga gihisgutan sa ibabaw, ang chi-square nga pagsulay (McNemar test) nagpakita sa usa ka mahinungdanon nga kalainan sa istatistika (p <0.005) tali sa Sansure Biotech assay ug sa CRS.Unom ka mga sample (3.66%) ang nakit-an nga bakak nga mga negatibo kumpara sa CRS (Supplementary Table 1); kini mao ang importante kaayo, ilabi na nga gihatag sa dynamics sa transmission sa virus. Ang datos sa ibabaw nagsuporta usab niining ubos nga detection rate15.
Sa kini nga pagtuon, ang mga kantidad sa Ct gitino alang sa matag assay ug tagsa-tagsa nga plataporma, nga adunay labing ubos nga mean nga kantidad sa Ct nga gitaho sa Abbott SARS-CoV-2 assay. Kini nga resulta mahimong may kalabutan sa dungan nga sistema sa pagsulay sa genetic ni Abbott alang sa pag-ila sa SARS-CoV-2. Busa, sumala sa Figure 1, 87.6% sa mga resulta sa Abbott SARS-CoV-2 adunay Ct values ​​ubos sa 20. Gamay ra nga gidaghanon sa mga sample nga resulta (12.4%) ang naa sa 20-30 range. Ang mga kantidad sa Ct nga labaw sa 30 wala natala. Dugang pa sa paggamit ni Abbott sa SARS-CoV-2 panel genetic testing format, kini nga resulta mahimong may kalabutan sa ubos nga limitasyon sa detection (32.5 RNA copies/mL)18, nga tulo ka pilo nga mas ubos kaysa ubos nga limitasyon sa kompanya nga 100 RNA copies. /mL. ml)19.
Kini nga pagtuon adunay pipila ka mga limitasyon: una, wala kami mga standard/reperensya nga mga pamaagi [sama sa viral load o uban pang mga pagsulay sa laboratoryo (LDA)] tungod sa kakulang sa mga kapanguhaan. Ikaduha, ang tanan nga mga espesimen nga gigamit niini nga pagtuon mga nasopharyngeal swabs, samtang ang mga resulta dili magamit sa ubang mga matang sa espesimen, ug ikatulo, ang among sample nga gidak-on gamay ra.
Kini nga pagtuon nagtandi sa performance sa upat ka rRT-PCR assays para sa SARS-CoV-2 gamit ang nasopharyngeal samples. Ang tanang detection assays adunay halos susama nga performance, gawas sa Sansure Biotech assay. Gawas pa, ang ubos nga positivity rate giila sa Sansure Biotech assay kumpara sa CRS (p <0.05). Gawas pa, ang ubos nga positivity rate giila sa Sansure Biotech assay kumpara sa CRS (p <0.05). Кроме того, в тесте Sansure Biotech был выявлен низкий процент положительных результатов по сравнению с CRS (p < 0,05). Dugang pa, ang pagsulay sa Sansure Biotech nagpakita nga gamay nga porsyento sa mga positibo nga resulta kung itandi sa CRS (p <0.05).此外，与CRS 相比，Sansure Biotech 检测的阳性率较低(p < 0.05).此外，与CRS 相比，Sansure Biotech 检测的阳性率较低(p < 0.05). Кроме того, анализ Sansure Biotech имел более низкий уровень положительных результатов по сравнению sa CRS (p < 0,05). Dugang pa, ang Sansure Biotech assay adunay mas ubos nga positivity rate kumpara sa CRS (p <0.05).Ang pagtuki sa Sansure Biotech nCoV-2019 (RUO) sa PPA, NPA ug kinatibuk-ang kasabutan milapas sa 93.5% nga adunay Cohen Kappa nga kusog sa kasabutan nga kantidad nga 0.925. Sa katapusan, ang Sansure Biotech Assay (RUO) nanginahanglan dugang nga pag-validate alang sa paggamit sa Ethiopia, ug ang dugang nga panukiduki kinahanglan nga konsiderahon aron masusi ang mga pag-angkon gikan sa mga indibidwal nga tiggama.
Ang disenyo sa pagtandi sa pagtuon gihimo sa upat ka pasilidad sa panglawas sa Addis Ababa, Eka Kotebe Hospital, Millennium Church Treatment Center, Zewooditu Memorial Hospital, ug St. Peter's Tuberculosis Specialist Hospital. Ang datos nakolekta tali sa Disyembre 1 ug 31, 2020. Ang mga pasilidad sa medikal alang niini nga pagtuon gituyo nga gipili base sa taas nga gidaghanon sa mga kaso niini ug ang pagkaanaa sa mga dagkong sentro sa pagtambal sa siyudad. Sa susama, ang mga instrumento, lakip ang ABI 7500 ug Abbott m2000 nga mga instrumento sa PCR nga real-time, gipili sumala sa mga rekomendasyon sa mga tiggama sa NAAT reagent, ug upat ka mga PCR detection kits ang gipili alang niini nga pagtuon, tungod kay ang kadaghanan sa mga laboratoryo sa Ethiopia naggamit labing menos labing menos. upat sila. Gene test, Abbott SARS-CoV-2 test, Sansure Biotech test, ug SARS-CoV-2 BGI test nga gihimo atol sa pagtuon).
Ang pagsulay alang sa SARS-CoV-2 gihimo gikan sa 1 hangtod 30 Disyembre 2020 gamit ang 3 ml sa Viral Transport Medium (VTM) (Miraclean Technology, Shenzhen, China) gikan sa mga indibidwal nga giimbestigahan alang sa COVID-19 nga gitumong sa EPHI. Ang mga sample sa nasopharyngeal gikolekta sa mga gibansay nga sample collectors ug gipadala sa EPHI sa triple pack. Sa wala pa ang pag-inusara sa nucleic acid, ang matag sample gihatagan og usa ka talagsaon nga numero sa pag-ila. Ang pagkuha gihimo gikan sa matag sample diha-diha dayon sa pag-abot gamit ang manwal ug awtomatik nga mga pamaagi sa pagkuha. Busa, alang sa awtomatik nga pagkuha sa Abbott m2000, 1.3 ml (lakip ang 0.8 ml nga patay nga gidaghanon ug 0.5 ml nga extraction inlet volume) sa sample gikuha gikan sa matag sample ug gipaagi sa Abbott DNA Sample Preparation System (Abbott Molecular Inc. des Plaines, IL, USA). ) Usa ka batch sa 96 [92 ka sample, duha ka detection control ug duha ka non-template controls (NTC)] ang gilakip sa kinatibuk-ang proseso (pagkuha ug detection) sa duha ka hugna sa SARS-CoV-2 (EUA) sa tinuod nga panahon. pagmina. Sa susama, alang sa manual nga pagkuha, gamita ang parehas nga mga sample (para sa awtomatik nga pagkuha ug pagdiskobre). Busa, sa tibuok proseso, 140 µl sample ang gi-aliquote ug gikuha gamit ang QIAamp Viral RNA Mini Kit (QIAGEN GmbH, Hilden, Germany) sa mga batch nga 24 (lakip ang 20 ka sample, duha ka assay control ug duha ka NTC) sulod sa siyam ka round. Ang manually extracted eluates gipadako ug nakita gamit ang ABI 7500 thermal cycler gamit ang SARS-CoV-2 BGI assay, Daan Gene assay, ug Sansure Biotech assay.
Ang awtomatikong pag-inusara ug pagputli sa SARS-CoV-2 viral RNA nagsunod sa prinsipyo sa magnetic bead gamit ang Abbott DNA sample preparation reagents. Ang inactivation sa mga sample ug solubilization sa viral nga mga partikulo gihimo gamit ang usa ka detergent nga adunay guanidine isothiocyanate aron ma-denatur ang protina ug dili aktibo ang RNase. Ang RNA unya gibulag gikan sa protina pinaagi sa solid phase separation gamit ang silica, ie ang guanidinium salt ug ang alkaline pH sa lysis buffer nagpasiugda sa pagbugkos sa mga nucleic acid ngadto sa silica (SiO2). Ang lakang sa paghugas nagtangtang sa nahabilin nga mga protina ug mga tinumpag aron makahimo usa ka tin-aw nga solusyon. Ang transparent nga RNA gilain gikan sa silica-based microparticle gamit ang magnetic field sa instrument20,21. Sa laing bahin, ang manwal nga pag-inusara ug pagputli sa RNA gihimo pinaagi sa spin column method gamit ang centrifugation imbes nga magnetic stand ug pagbulag sa microparticle gikan sa eluent.
Ang Abbott Real-Time SARS-CoV-2 Detection Test (Abbott Molecular, Inc.) gihimo sumala sa mga panudlo sa tiggama, nga nakadawat EUA19,22 gikan sa WHO ug FDA. Niini nga protocol, ang sample inactivation sa wala pa ang pagkuha gihimo sa usa ka kaligoanan sa tubig sa 56 °C sulod sa 30 min. Human sa inactivation sa virus, ang nucleic acid extraction gihimo sa Abbott m2000 SP instrument gikan sa 0.5 ml VTM gamit ang Abbott m2000 DNA sample preparation system. sumala sa tiggama. Ang amplification ug detection gihimo gamit ang Abbott m2000 RT-PCR instrument, ug ang dual detection gihimo para sa RdRp ug N genes. ROX) ug VIC P (proprietary dye) alang sa pag-target ug pag-detect sa internal nga mga kontrol, nga nagtugot sa dungan nga pagkakita sa duha ka produkto sa amplification 19 .
Ang paagi sa amplification detection niini nga kit gibase sa usa ka lakang nga RT-PCR nga teknolohiya. Ang ORF1a/b ug N nga mga gene gipili isip conserved nga mga rehiyon sa Daan Gene Technology aron makita ang target nga pagpadako sa rehiyon. Ang piho nga mga primer ug fluorescent probes (N gene probes nga gimarkahan og FAM, ORF1a/b probes nga gimarkahan og VIC) gidesinyo sa pag-detect sa SARS-CoV-2 RNA sa mga sample. Ang katapusang eluent ug master mixes giandam pinaagi sa pagdugang sa 5 µl sa eluent ngadto sa 20 µl sa master mix ngadto sa katapusang volume nga 25 µl. Ang amplification ug detection gihimo nga dungan sa usa ka ABI 750024 real-time nga PCR nga instrumento.
Ang ORF1a/b ug N nga mga gene nakita gamit ang Sansure Biotech nCoV-2019 Nucleic Acid Diagnostic Kit (fluorescent PCR detection). Pag-andam ug espesipikong mga pagsusi alang sa matag target nga gene pinaagi sa pagpili sa FAM channel alang sa ORF1a/b nga rehiyon ug sa ROX channel alang sa N gene. Niini nga assay kit, ang eluent ug master mix reagents gidugang sama sa mosunod: pag-andam ug 30 µl master mix reagent ug 20 µl eluted sample para sa detection/amplification. Ang tinuod nga-time nga PCR ABI 750025 gigamit para sa pagpadako/deteksiyon.
Ang SARS-CoV-2 BGI test kay usa ka fluorescent real-time rRT-PCR kit para sa diagnosis sa COVID-19. Ang target nga rehiyon nahimutang sa ORF1a/b nga rehiyon sa SARS-CoV-2 genome, nga usa ka pamaagi sa pag-ila sa gene. Dugang pa, ang human housekeeping gene β-actin kay internally regulated target gene. Ang master mix giandam pinaagi sa pagsagol sa 20 µl sa master mix reagent ug 10 µl sa gikuha nga sample sa RNA sa usa ka well plate26. Usa ka ABI 7500 fluorescent quantitative real-time nga instrumento sa PCR ang gigamit alang sa pagpadako ug pagtuki. Ang tanan nga nucleic acid amplification, PCR run nga mga kondisyon para sa matag assay, ug interpretasyon sa mga resulta gihimo sumala sa mga instruksyon sa tagsa-tagsa nga tiggama (Table 3).
Niini nga pagtandi nga pagtuki, wala namo gigamit ang reference standard nga pamaagi aron mahibal-an ang porsyento nga kasabutan (positibo, negatibo, ug kinatibuk-an) ug uban pang mga parameter sa pagtandi alang sa upat ka mga pag-analisar. Ang matag pagtandi sa pagsulay gihimo sa CRS, sa kini nga pagtuon ang CRS gitakda sa lagda nga "bisan unsang positibo" ug ang resulta gitino, dili sa usa ka pagsulay, gigamit namon ang labing menos duha nga gipares nga mga resulta sa pagsulay. Dugang pa, sa kaso sa pagpasa sa COVID-19, ang bakak nga negatibo nga mga sangputanan mas peligro kaysa sayup nga positibo nga mga sangputanan. Busa, aron isulti ang "positibo" sa tukma kutob sa mahimo gikan sa usa ka resulta sa CRS, labing menos duha ka mga pagsulay sa pagsulay kinahanglan nga positibo, nagpasabut nga labing menos usa ka positibo nga resulta ang lagmit nga gikan sa usa ka EUA assay. Busa, gikan sa upat ka mga resulta sa pagsulay, duha o daghan pa nga mga resulta sa pagsulay nga naghatag sa parehas nga resulta giisip nga tinuod nga positibo o negatibo18,27.
Gikolekta ang datos gamit ang structured data extraction forms, data entry ug analysis gihimo gamit ang Excel statistical software ug SPSS version 23.0 para sa descriptive statistics. Positibo, negatibo, ug kinatibuk-ang porsyento nga kasabotan ang gisusi, ug usa ka Kappa score ang gigamit aron mahibal-an ang lebel sa kasabutan sa matag pamaagi sa CRS. Ang mga kantidad sa Kappa gihubad ingon sa mosunod: 0.01 ngadto sa 0.20 alang sa malumo nga kasabutan, 0.21 ngadto sa 0.40 alang sa kinatibuk-ang kasabutan, 0.41-0.60 alang sa kasarangan nga kasabutan, 0.61-0.80 alang sa mayor nga kasabutan ug 0.81-0.99 alang sa kompleto nga kasabutan28.
Ang ethical clearance nakuha gikan sa Unibersidad sa Addis Ababa ug ang tanang eksperimento nga mga protocol alang niini nga pagtuon giaprobahan sa Ethiopian Public Health Institute's Scientific Ethics Review Board. Ang reference number alang sa EPHI Ethics License mao ang EPHI/IRB-279-2020. Ang tanan nga mga pamaagi gipadapat subay sa mga rekomendasyon ug mga probisyon sa Etiopian National Comprehensive Guidelines alang sa Pagtambal sa COVID-19. Dugang pa, ang sinulat nga nahibal-an nga pagtugot nakuha gikan sa tanan nga mga partisipante sa pagtuon sa wala pa ang pag-apil sa pagtuon.
Ang tanan nga datos nga nakuha o gisusi sa kini nga pagtuon gilakip sa kini nga gipatik nga artikulo. Ang mga datos nga nagsuporta sa mga resulta niini nga pagtuon anaa gikan sa tagsa-tagsa nga tagsulat sa makatarunganon nga hangyo.
Organisasyon sa Kahimsug sa Kalibutan. Mga Rekomendasyon para sa Mga Estratehiya sa Pagsulay sa Laboratory para sa COVID-19: Interim Guidance, Marso 21, 2020 No. WHO/2019-nCoV/lab_testing/2020.1 (WHO, 2020).
Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. & Gourgoulianis, KI COVID-19 intelihenteng pagdayagnos sa Departamento sa Emerhensya: Tanan sa Practice. Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. & Gourgoulianis, KI COVID-19 intelihenteng pagdayagnos sa Departamento sa Emerhensya: Tanan sa Practice.Muliou, DS, Pantazopoulos, I. ug Gurgulianis, KI Intelligent nga pagdayagnos sa COVID-19 sa departamento sa emerhensya: ang tanan sa praktis.Muliou DS, Pantazopoulos I. ug Gurgulyanis KI Intelligent diagnosis sa COVID-19 sa mga departamento sa emerhensya: end-to-end integration sa praktis. Eksperto nga Reverend Respire. tambal. 3, 263–272 (2022).
Mitchell, SL & St George, K. Evaluation sa COVID19 ID KARON EUA assay. Mitchell, SL & St George, K. Evaluation sa COVID19 ID KARON EUA assay.Mitchell, SL ug St. George, K. Evaluation sa COVID19 ID NOW EUA assay.Mitchell SL ug St. George K. Evaluation sa COVID19 ID NOW EUA assay. J. Klinikal. Mga bayrus. 128, 104429. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104429 (2020).
WHO. Laboratory detection sa sakit nga coronavirus 2019 (COVID-19) sa gidudahang sakit sa tawo. https://www.who.int/publications/i/item/10665-331501 (na-access niadtong Agosto 15, 2020) (WHO, 2020).
Udugama, B. et al. Diagnosis sa COVID-19: Mga Sakit ug Mga Himan sa Pagsulay. ACS Nano 14(4), 3822–3835 (2020).
Syed S. et al. Pagtukod sa College of Pathologists sa Eastern, Central ug Southern Africa - Regional School of Patology sa Middle East ug South Africa. Africa. J. Lab. tambal. 9(1), 1-8 (2020).
Ethiopian Institute of Public Health, Federal Ministry of Health. Interim National Strategy ug Guidance para sa Laboratory Diagnosis sa COVID-19. https://ephi.gov.et/images/novel_coronavirus/EPHI_PHEOC_COVID-19_Laboratory_Diagnosis_Eng.pdf (na-access niadtong Agosto 12, 2020) (EPHI, 2020).
Woloshin, S., Patel, N. & Kesselheim, AS Bakak nga negatibo nga mga pagsulay alang sa mga hagit ug implikasyon sa impeksyon sa SARS-CoV-2. Woloshin, S., Patel, N. & Kesselheim, AS Bakak nga negatibo nga mga pagsulay alang sa mga hagit ug implikasyon sa impeksyon sa SARS-CoV-2.Voloshin S., Patel N. ug Kesselheim AS False-negative nga mga pagsulay alang sa mga impeksyon sa SARS-CoV-2 ug ang mga sangputanan niini.Voloshin S., Patel N. ug Kesselheim AS False-negative nga mga pagsulay alang sa paghagit ug ang epekto sa impeksyon sa SARS-CoV-2. N. eng. J. Medisina. 383(6), e38 (2020).
Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI False-positibo ug bakak-negatibo nga mga kaso sa COVID-19: Mga estratehiya sa pagpugong ug pagdumala sa respiratoryo, pagbakuna, ug dugang nga mga panglantaw. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI False-positibo ug bakak-negatibo nga mga kaso sa COVID-19: Mga estratehiya sa pagpugong ug pagdumala sa respiratoryo, pagbakuna, ug dugang nga mga panglantaw. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Ложноположительные и ложноотрицательные случаи COVID-19: респираторная профилактика и стратегии, леикиця дальнейшие перспективы. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Mga bakak nga positibo ug bakak nga negatibo nga mga kaso sa COVID-19: mga pamaagi sa pagpugong sa respiratoryo ug pagtambal, pagbakuna ug ang paagi sa unahan.Muliu, DS ug Gurgulianis, KI False-positibo ug bakak-negatibo nga mga kaso sa COVID-19: mga estratehiya alang sa pagpugong sa respiratoryo ug pagtambal, pagbakuna ug ang paagi sa unahan. Eksperto nga Reverend Respire. tambal. 15(8), 993–1002 (2021).
Mouliou, DS, Ioannis, P. & Konstantinos, G. COVID-19 diagnosis sa departamento sa emerhensya: Nakakita sa kahoy apan nawala ang lasang. Mouliou, DS, Ioannis, P. & Konstantinos, G. COVID-19 diagnosis sa departamento sa emerhensya: Nakakita sa kahoy apan nawala ang lasang.Mouliou, DS, Ioannis, P. ug Konstantinos, G. COVID-19 Diagnosis sa Emergency Department: Tan-awa ang Kahoy, Mawala ang Kalasangan.Muliou DS, Ioannis P., ug Konstantinos G. Diagnosis sa COVID-19 sa mga Emergency Room: Dili Igo nga Kalasangan alang sa mga Kahoy. Pagpakita. tambal. J. https://doi.org/10.1136/emermed-2021-212219 (2022).
Degli-Angeli, E. ug uban pa. Pag-validate ug Pagpamatuod sa Analytical ug Clinical Performance sa Abbott RealTime SARS-CoV-2 Assay. J. Klinikal. Mga bayrus. 129, 104474. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104474 (2020).
Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Pagtandi sa lima ka primer sets gikan sa lain-laing genome nga rehiyon sa COVID-19 alang sa detection sa impeksyon sa virus pinaagi sa conventional RT-PCR. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Pagtandi sa lima ka primer sets gikan sa lain-laing genome nga rehiyon sa COVID-19 alang sa detection sa impeksyon sa virus pinaagi sa conventional RT-PCR.Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. ug Aflatunyan, B. Pagtandi sa lima ka set sa primers gikan sa lain-laing mga rehiyon sa COVID-19 genome alang sa detection sa viral infection pinaagi sa conventional RT-PCR. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. 比较来自COVID-19不同基因组区域的五个引物组，用于通过常规RT-PCR 检测病毒感染。 Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Pagtandi sa 5 ka lain-laing genetic nga rehiyon sa COVID-19 alang sa pag-ila sa impeksyon sa viral pinaagi sa naandan nga RT-PCR.Mollaei HR, Afshar AA, Kalantar-Neyestanaki D, Fazlalipour M. ug Aflatunyan B. Pagtandi sa lima ka set sa primers gikan sa lain-laing mga rehiyon sa COVID-19 genome alang sa detection sa viral infection pinaagi sa conventional RT-PCR.Iran. J. Microbiology. 12(3), 185 (2020).
Goertzer, I. et al. Preliminary nga mga resulta sa nasudnong programa sa pagsusi sa kalidad sa gawas alang sa pagtuki sa SARS-CoV-2 genome sequences. J. Klinikal. Mga bayrus. 129, 104537. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104537 (2020).
Wang, M. et al. Analytical Evaluation sa Kaepektibo sa Lima ka RT-PCR Kits alang sa Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2. J. Clinical. laboratoryo. anus. 35(1), e23643 (2021).
Wang B. et al. Pag-evaluate sa pito ka commercially available nga SARS-CoV-2 RNA detection kits sa China base sa real-time polymerase chain reaction (PCR). klinikal. Kemikal. laboratoryo. tambal. 58(9), e149–e153 (2020).
van Casteren, PB ug uban pa. Pagkumpara sa pito ka commercial RT-PCR COVID-19 diagnostic kits. J. Klinikal. Mga bayrus. 128, 104412 (2020).
Lu, Yu, ug uban pa. Pagkumpara sa diagnostic performance sa duha ka PCR kits para sa pagtuki sa SARS-CoV-2 nucleic acids. J. Klinikal. laboratoryo. anus. 34(10), e23554 (2020).
Lefart, PR, ug uban pa. Usa ka pagtandi nga pagtuon sa upat ka SARS-CoV-2 nucleic acid amplification testing (NAAT) nga mga plataporma nagpakita nga ang pasundayag sa ID NOW grabeng nadaot depende sa pasyente ug sa sample type. diagnosis. microbiology. Makatakod. diss. 99(1), 115200 (2021).
Abbott molekula. Abbott real-time nga SARS-CoV-2 analysis package insert. https://www.molecular.abbott/us/en/products/infectious-disease/RealTime-SARS-CoV-2-Assay. 1-12. (Sukad sa Agosto 10, 2020) (2020).
Klein, S. et al. Ang pag-isolate sa SARS-CoV-2 RNA gamit ang magnetic beads alang sa paspas nga dako nga pagtuki pinaagi sa RT-qPCR ug RT-LAMP. Virus 12(8), 863 (2020).