中文网站
NAT MED | Usa ka paagi sa multi-omics aron mapa ang nahiusa nga tumor, resistal nga talan-awon sa colorectal cancer nagpadayag sa pakigsulti sa microbiome sa resistensya
Bisan kung ang mga biomarker alang sa kanser sa colon sa Primary natun-an sa karon nga mga tuig, ang mga sumbanan sa klinikal nga node-lymph nga pag-ayo sa TumorAs (MMR) nga pag-ayo sa Tumorch (MSI) (MSI) Ang mga tigdukiduki nakamatikod sa usa ka kakulang sa asosasyon tali sa mga tubag sa resistensya nga gipasukad sa gene, mga profile sa Microbial, ug Tcga) Colorectal Atlas (TCGA) Spivalcival.
Samtang ang panukiduki nag-uswag, ang mga kinaiya nga nag-una sa kanser sa Colorectal, lakip ang cancer cellular, o microbial cellular, o adunay limitado nga pagsabut kung giunsa ang ilang mga interaksyon sa klinika kung giunsa ang ilang mga interaksyon sa klinikal kung giunsa ang ilang mga interaksyon sa klinikal kung giunsa ang ilang mga interaksyon sa klinika kung giunsa ang ilang mga interaksyon sa klinikal kung giunsa ang ilang mga interaksyon sa klinikal kung giunsa ang ilang mga interaksyon sa klinikal kung giunsa ang ilang mga interaksyon sa klinikal kung giunsa ang ilang mga interaksyon sa klinikal nga pag-apekto sa mga sangputanan sa pasyente.
To dissect the relationship between phenotypic complexity and outcome, a team of researchers from the Sidra Institute of Medical Research in Qatar recently developed and validated an integrated score (mICRoScore) that identifies a group of patients with good survival rates by combining microbiome characteristics and immune rejection constants (ICR). Ang koponan naghimo sa usa ka komprehensibo nga pag-analisar sa genomic nga bag-ong mga frozen nga mga sample gikan sa 348 nga mga pasyente nga adunay sulud nga rreptor sa RRACTECTIC, nga nag-abut sa tibuuk nga t-cell reculartect, nga nag-abut sa tibuuk nga t-cell reculartect, nga nag-abut sa tibuuk nga T-cell sa T-cell sa pag-abut sa T-cell sa T-cell Ang pagtuon gipatik sa medisina sa kinaiyahan ingon "usa ka integrated tumor, resmune ug microbiome atlas sa kanser sa colon".
Artikulo nga gipatik sa kinaiyahan nga tambal
AC-ICA ARAVIVEVIEW
Gigamit sa mga tigdukiduki ang usa ka plataporma nga oromik nga orthogonal aron ma-analisar ang mga frozen nga mga sample sa tumor ug nahibal-an nga mga pasyente nga adunay mga pasyente nga adunay cankropic cancer nga wala'y systemic therapy. Pinasukad sa kinatibuk-an nga pagkakita sa tibuuk nga exame (Wes), RNA-SEQ SEQ DATA DATA, ug mga datos sa pagkomprontia, ang mga pasyente nga genomic gikan sa usa ka median nga pag-analisar sa 4.6 ka tuig. Ang team sa panukiduki nga ginganlag Resource Sidra-LumC ACAM: usa ka mapa ug giya sa mga interaksyon sa microbiome-microbiome (Figure 1).
Klasipikasyon sa molekula gamit ang ICR
Pagkuha sa usa ka modular nga hugpong sa mga market sa genetic sa immune alang sa padayon nga immunosurce sa kanser, nga gisulud ang lainlaing mga lahi sa kanser, lakip ang melanoma nga lahi sa Cancer, lakip ang melanoma nga lahi sa Cancer, lakip ang Melanoma nga Sulud sa Cancer, lakip ang Melanoma nga Sulud sa Cancer Ang ICR nalangkit usab sa tubag sa immunitherapy sa lainlaing mga lahi sa kanser, lakip ang kanser sa suso.
Una, gi-validate sa mga tigdukiduki ang Signature sa ICR sa AC-ICA nga cohort, nga gigamit ang usa ka pamaagi sa pag-classi sa AC-ICR nga adunay tulo nga mga pungpong), medium icrs (medium nga icrs), medium nga icrs), medium nga icrs (medium nga icrs), medium nga icrs) (mga bugnaw nga icrs (mga bugnaw nga icrs) (Figure Tumors) (Hulagway 1b). Gihulagway sa mga tigdukiduki ang provensity sa immune nga may kalabutan sa mga molekular nga subtular sa molekula (CMS), usa ka transcriptome nga pagklasipikar sa kanser sa colon. Ang mga kategorya sa CMS naglakip sa CMS1 / Immune, CMS2 / kanonical, CMS3 / Metabolic ug CMS4 / Meschenymal. Gipakita sa pag-analisar nga ang mga marka sa ICR negatibo nga nagtinguha sa pipila nga mga agianan sa cell sa kanser sa tanan nga mga straptpes sa CMS ug Stromal nga giatubang lamang sa CMS4 Tumors.
Sa tanan nga CMS, ang kadagaya sa natural nga pagpatay sa cell ug t cell subsets mao ang labing taas nga mga subtypes sa ICRYO sa ICROT sa ICROCESS sa ICROCYS nga adunay sulud sa ICROCYS sa ICROCTE sa ICROCYS sa ICROCTE sa ICROCTE sa ICROCYS sa ICROCTE sa ICROCESTE sa ICROCYS sa ICROCTE sa ICROCYS sa ICROCTE sa ICROCYS sa ICROCTE sa ICROCTE sa ICROCTE sa ICROCTE sa ICROCTE sa ICROCYS sa ICROCTE sa ICROCTE sa ICROCYS sa ICROCTE sa ICROCTE sa ICROCTE sa ICROCTE sa ICROCYS
Figure 1
Nakuha sa ICR ang Tumor nga Tumor, Clonally Amplified T Cells
Ang usa ka minorya lamang sa mga cell sa T nga nagsusulat sa tisyu sa tumor nga gitaho nga piho alang sa Tumor Antigens (dili moubos sa 10%). Busa, ang kadaghanan sa intra-Tumor T nga mga cells gihisgotan nga mga bystander t cells (bystander t cells). Ang labing kusog nga korelasyon sa gidaghanon sa mga cell cells nga adunay mabungahon nga mga TCRS nga naobserbahan sa Stromal Cell ug Leukocyte Subpopulations (Nakit-an sa RNO-SEQ), nga magamit sa pagbanabana sa mga subpopulation sa T Cell (Hulagway 2a). Sa ICR Clusters (kinatibuk-an ug CMS Classification), ang labing kataas nga klarong sa SEQ TCRS. Ang paggamit sa tibuuk nga transcriptome (18,270 nga mga gene), unom ka mga gene sa ICR (IRNGI, STAT1, CCL1, GZMA, ug CXCL10) usa sa mga tiko nga natapos nga seq clonasy (Figure 2D). Ang Immunoseq TCR CHARONA nga nagkahiusa nga labi ka kusog sa kadaghanan sa mga gene sa ICR kaysa sa mga correlations nga naobserbahan gamit ang tumor nga mga marka sa CD8 + nga 2F). Sa konklusyon, gisugyot sa ibabaw nga pag-analisar nga ang pirma sa ICR nakakuha sa presensya sa Tumor nga gipalambo sa mga cell sa Tumor ug mahimong ipasabut ang mga prognostic nga mga implikasyon niini.
Hulagway 2
Ang komposisyon sa microbiome sa himsog ug mga tisyu sa kanser sa colon
Gihimo sa mga tigdukiduki ang 16S RRNA nga pagsunud gamit ang DNA nga nakuha gikan sa match nga tumor ug himsog nga tisyu sa kolon gikan sa 246 nga mga pasyente (Figure 3a). Alang sa pag-validate, ang mga tigdukiduki dugang nga gisusi ang 16S RRNA Gene Genequencing Data gikan sa dugang nga 42 nga mga sample nga Tumor nga wala magamit nga normal nga DNA. Una, gitandi sa mga tigdukiduki ang kadagaya sa Flora tali sa mga posporo nga mga tumor ug himsog nga tissue sa kolon. Ang mga prostridium Preverens labi ka daghan nga nadugangan sa mga hubag kumpara sa himsog nga mga sample (Figure 3a-3D). Wala'y mahinungdanong kalainan sa pagkalainlain sa alpha (pagkalainlain ug daghang mga espisye sa usa ka sampol) tali sa tumor nga mga hatag-as nga mga hatag-as nga mga hatag-as nga mga hatag-as nga mga hatag-as nga mga tumor.
Aron mahibal-an ang mga may kalabutan nga mga asosasyon sa klinika tali sa mga profile sa microbial ug mga residente nga gipunting nga gamiton ang 16s RRNA Gene Fequeuring nga mga bahin aron mahibal-an ang mga multa nga microbiome. Sa AC-ICAM246, ang mga tigdukiduki nagpadagan sa usa ka modelo sa regression sa OS COX nga gipili ang 41 nga mga bahin sa mga dili-zero nga coefficients (nga may kalabutan sa pagkalalaki sa mortalidad), nga gitawag nga MBR Classifiers (Figure 3F).
Sa kini nga pagbansay sa cohort (icam246), ang usa ka mubu nga marka sa MBR (MBR <0, ang ubos nga MBR) nalangkit sa usa ka labi ka labi nga peligro sa kamatayon (85%). Gikumpirma sa mga tigdukiduki ang asosasyon tali sa mubu nga MBR (risgo) ug dugay nga os sa duha nga independente nga gi-validat nga mga cohorts (icam42 ug TCga-Coad). .
Hulagway 3. Microbiome sa tumor ug himsog nga mga tisyu ug ang relasyon sa Survival sa ICR ug Pasyente.
Kataposan
Ang pamaagi sa multi-Omics nga gigamit sa kini nga pagtuon nakapahimo sa bug-os nga pagsusi ug pag-analisar sa Lagda sa Mobalik sa Colorectal Cancer ug gipadayag ang interaksyon tali sa microbiome ug resistensya. Ang lawom nga TCR nga gisundan sa tumor ug himsog nga mga tisyu nagpadayag nga ang prognostic nga epekto sa ICR mahimong tungod sa katakus sa pagkuha sa tumor nga mga click click.
Pinaagi sa pag-analisar sa tumor nga komposisyon sa Microbiome gamit ang 16S RRNA Gene Cequescing sa mga sample sa AC-ICA, gipaila sa koponan ang usa ka marka sa microbiome (marka sa risgo sa microbiome) nga adunay lig-on nga marka sa microbiome (mbr risgo nga kantidad sa prognoso. Bisan kung kini nga pirma nakuha gikan sa mga sample sa tumor, adunay usa ka lig-on nga korelasyon tali sa himsog nga colorectum ug iskor sa risgo sa Tumor MBR nga mahimong makuha ang us aka pirma nga microbiome nga komposisyon sa mga pasyente. Pinaagi sa paghiusa sa mga marka sa ICR ug MBR, posible nga mailhan ug ma-validate ang usa ka multi-omic nga estudyante nga biomarkker nga nagtagna sa pagkaluwas sa mga pasyente nga adunay kanser sa colon. Ang Multi-Omic Dataset naghatag usa ka kapanguhaan nga mas makasabut sa colon cancer biology ug makatabang sa pagdiskubre sa mga personalized nga mga pamaagi sa terapyutik.
Post Oras: Jun-15-2023
Mga Setting sa Pagkapribado